Em 1956, chegaria à Vila Belmiro, o menino Pelé, de 15 anos, que deu impulso à história do Santos, levando-o a conquistas que enalteceram o futebol brasileiro no planeta. O time do Santos FC vinha de grandes campanhas, sendo bicampeão paulista em 55 e 56, apresentando os craques Pepe e Zito, dentro outros. Com Pelé, o Santos FC se tornou o maior time de todos os tempos.
Pelé marcou seu primeiro gol com a camisa do Santos num amistoso com o Corinthians de Santo André, jogo em que o Santos FC venceu por 7 a 1. Em 1958 ganhou seu primeiro Campeonato Paulista, estabelecendo como artilheiro o recorde de 58 gols que permanece até hoje. Neste Campeonato Paulista, o Santos FC marcou 143 gols.
O Santos FC com Pelé continuou nos anos seguintes a ganhar todas as principais competições que disputava. Em 1959, a conquista do primeiro Torneio Rio-São Paulo. Em 1960, mais um paulista. De 1961 até 1965 conquistou cinco Taças Brasil. Em 1962 e 1963, o bicampeonato sul-americano da Copa Libertadores da América e o bicampeonato Mundial. Em 1967 o Santos ganharia novamente o Campeonato Paulista e daria início ao seu segundo tri-campeonato da competição. Em 1968 o time com grandes revelações como Clodoaldo, Edu, Abel e Toninho Guerreiro voltaria a conquistar outros títulos nacionais e internacionais, como a Recopa Mundial de Clubes Campeões de 1968.
Em 1969, as conquistas e a fama do Santos eram tão grandes que, em uma excursão pela África, a guerra no Congo Belga, , foram suspensas para que as cidades pudessem assistir aos jogos do time. Logo após as partidas e as homenagens, o conflito recomeçou. Este evento serviu claramente de inspiração para o "Amistoso da Paz", realizado entre as seleções de Brasil e Haiti, em 18 de agosto de 2004. Mas a partir de 1970 a fase hegemônica e dos títulos seguidos acabaria.
